1892年に知り合った、パースシャーの自然研究家であるチャールズ・マッキントッシュの助けを借りて、ビアトリクスはあらゆる種類のキノコの水彩画を何百枚も描きました。マッキントッシュ氏は彼女の作品が植物学的に正確であることを賞賛し、1967年にはそのうちの60枚がW・P・K・フィンドリー博士の著作『あぜ道と森林のキノコ』のさし絵として使われました。作品コレクションはアンブルサイドのアーミット図書館とパース博物館に保管されています。

パースシャーの博物学者であったチャールズ・マッキントッシュは、ビアトリクス・ポターのキノコの研究に助言を与えました。

テングダケの一種（アマニタ・クロセア）とベニテングタケ（アマニタ・ムスカリア） − ビアトリクス・ポター作（1897年9月）

ベニテングタケ（アマニタ・ムスカリア）

キノコはビアトリクス・ポターのさし絵にも登場します。1905年、『わらべうたの本』（未出版）のために描かれた｢ヒキガエルのおちゃかい｣では、トードストゥール（からかさ状の毒キノコ）が椅子やテーブルとして描かれています。